帮助23andMe的治疗学部门推动发现

欣芳对科学的兴趣始于餐桌上,听父母谈论他们每天做的事情。

她的爸爸妈妈都是植物科学家。她的母亲专注于遗传学,而她的父亲专注于环境。他们工作很长时间,但他们会热情地回家。和父母一起吃饭时,她听着父母谈论最新的发现和解决的问题。它使她着迷。

人类生物学的奇迹

她现在是23andMe公司治疗学部门的计算生物学家,她说父母对科学的热情激发了她的抱负。到了高中,她知道自己想成为一名科学家,只是对自己的职业道路不确定。从中国来到美国约翰霍普金斯大学学习化学和生物分子工程。正是在那里,她对生物信息学的兴趣生根发芽。她说,她对“人体及其工作原理的奥秘”非常着迷。数据和生物信息学为理解人类生物学的部分奥秘提供了一扇门。

“我很高兴我们能够开发新技术来理解人类生物学背后的机制,”辛说。

现在她在23andMe的工作已经一年多了,她正在与其他计算生物学家和实验室科学家深入合作,帮助寻找潜在的药物靶点。计算生物学、数据科学和机器学习在23andMe的药物发现过程中发挥着关键作用。我们的科学家有幸从世界上最大的遗传和表型数据集中收集到见解。

对Xin来说,来到23andMe工作的吸引力不仅仅在于她对遗传学感兴趣,或者她看到了23andMe的数据有助于加速新疗法的发展的前景,还因为23andMe的药物发现是由数据驱动的,这使得像她这样的计算生物学家能够提出新的研究方向并做出重大贡献。我们数据集的规模和规模使快速发现成为可能。

作为一个关于在23andMe工作的科学家的偶然系列的一部分,我们和Xin坐下来讨论计算生物学,23andMe,以及作为一个早期职业科学家在这里是什么感觉。

你一直想成为一名科学家吗?

很早就有了。到了高中,我知道我想在生物化学方面做些什么,但我不确定是什么。

你对科学的兴趣是由一个人还是一次经历引起的?

肯定是我父母给的。他们都是科学家,对它充满热情,这对我产生了很大的影响。他们做了很多工作,但他们对自己所做的很开心。我们在吃饭的时候花了很多时间谈论他们的工作。

你在约翰霍普金斯大学学习化学和生物分子工程,是什么促使你从事生物工程的博士工作?

本科毕业后,我在Genentech工作了一个间隔年。这和我在本科期间的经历帮助我意识到我对生物信息学和计算建模更感兴趣。

以人体为例。这是一个完美的谜,它以某种方式运作,而我们并没有完全理解它。但当你引入高通量数据,特别是来自大型基因组数据集或下一代测序的数据时,你开始更清楚地看到不同的生物学机制在发挥作用。这是最有趣的部分。我很高兴我们可以使用这些新技术和分析来尝试和理解它。这是太棒了。

为什么您在UCSD博士期间专注于研究肠道微生物群和IBD ?

肠道微生物群是我们身体的重要组成部分,但此前人们对它的了解并不透彻。它与人体的其他部分以很多不同的方式相互作用,包括交换代谢物和分解药物。近年来,人们发现肠道微生物群与多种疾病有关,炎症性肠病(IBD)就是其中之一。基本上,你观察到的是微生物群的不平衡有益微生物减少了但病原体增加了。我的论文研究的是是否存在与炎症性肠病相关的特定病原体。我做的第二部分是研究微生物群如何影响炎症性肠病的治疗。

是什么吸引你来为23andMe的治疗团队工作?

我是23andMe的客户,甚至在我还是个破产的博士生的时候。我是生物信息学专业的,也是遗传学的超级粉丝。我一直坚信,个人遗传学将进入现代医学,并成为标准实践的一部分。

所以,当我在找工作的时候,23andMe是我真正感兴趣的公司。但说实话,当时我对23andMe的治疗项目了解不多。我不知道23andMe在目标发现和药物研发方面的独特方法。直到那次面试,直到我有机会和计算生物学团队交谈,我才完全理解了治疗学项目是关于什么的,这真的很令人兴奋。

我们的一个主要优势是数据库的大小。从发现的角度来说,这是非常重要的,因为我们有更好的能力来检测基因信号,这对识别其他数据库无法识别的药物靶点很有用。当然,我们的数据来自同意参与研究的客户,以及我们在未来需要时可以联系的客户。这是另一个优势。

请描述一下你的日常工作。

我可以把我目前的角色分为两个不同的方面来支持我们的治疗学发现和发展过程。第一个是帮助进行数据分析,以支持识别可能对临床试验有用的生物标志物。我还在为后期程序开发自动报告。

我的第二部分工作更上游,整合不同的数据集,以改善变异(GWAS击中),以目标基因定位过程。我们想要确定影响这种疾病的基因并了解其作用机制。

在这里工作有什么不同?

对我来说,我想影响我决定来这里的原因是23andMe正在进行基于基因的、数据驱动的发现。因此,作为计算生物学团队的一员,你可以对药物发现做出重大贡献,而在更传统的生物技术/制药环境中,计算生物学将发挥更大的支持作用。

作为一名科学家,我对从事具有智力挑战性的研究和探索项目非常感兴趣,在23andMe,我们有机会做这些事情。

在过去一年的大流行期间,你是如何平衡工作与生活的?

我主要在家工作,但我每周去办公室两到三次。起初,这很困难,因为我在23andMe开始工作的时候,我们都在家里工作。但团队每周都开会,确保问题得到解答,所以我不觉得自己总是一个人。工作和生活之间有很好的平衡。

工作之外你对什么感兴趣?

我过去常打羽毛球。我小时候就训练过乒乓球,但在研究生院就不打了,转而打乒乓球。下班后我们办公室有一场乒乓球比赛,很有趣。在疫情期间,我养了一只小狗,所以它现在也占用了我的时间。

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